En exploitant notre robuste plateforme de génomique synthétique, nous réduisons le délai de mise sur le marché en contournant complètement les principaux goulets d’étranglement du développement des souches.
Nous avons mis au point une plateforme technologique entièrement nouvelle pour la génomique synthétique, qui nous permet de développer des souches personnalisées adaptées à un large éventail d’applications. En partant des utilisations finales souhaitées pour une souche, nous concevons et assemblons des génomes secondaires personnalisés qui sont construits dans un but unique. Ces génomes conçus rationnellement codent pour des gènes et des voies de biosynthèse complètes qui permettent à la cellule de remplir des fonctions spécifiques. Il s’agit d’une technologie de rupture qui peut être adaptée à un large éventail d’applications et d’utilisations potentielles.
Depuis plus de 10 ans, nos recherches se concentrent sur l’impact du repliement des chromosomes et du bouclage de l’ADN sur l’expression des gènes. Nous avons découvert que l’expression d’un gène donné peut varier d’un facteur >1000x en fonction uniquement de la position du gène dans le chromosome ainsi que d’autres facteurs (contexte local, orientation, présence d’enzymes et de protéines de liaison à l’ADN). Nous avons construit des outils informatiques qui nous permettent de prédire et d’analyser le “comportement” d’un gène dans un certain contexte chromosomique. Nous appliquons ces règles naturelles à la conception de systèmes d’expression optimisés, à savoir les chromosomes secondaires. Ces vecteurs d’expression sont spécialement conçus pour produire des produits à haute valeur ajoutée.
Notre plateforme technologique consiste en une suite d’outils exclusifs, tant informatiques que moléculaires, pour la conception et l’assemblage de génomes. En plus des nouveaux outils que nous avons inventés, nous avons établi un pipeline de développement de génomes guidé par ordinateur qui rationalise le processus d’ingénierie. Ce pipeline commence par l’utilisation d’algorithmes exclusifs pour analyser les ensembles de données génomiques pertinents, suivie de la conception in silico du génome. Les fragments d’ADN à acquérir sont optimisés par calcul pour augmenter le taux de réussite de la synthèse d’ADN et commandés à une entreprise. Nous assemblons ensuite les fragments en un génome fonctionnel en utilisant une variété de méthodes exclusives in vitro et in vivo.
Nos méthodes exclusives d’édition du génome sont désormais disponibles dans le commerce sous la forme du kit d’assemblage et de clonage d’ADN Simply Seamless.
L’approche “classique” de développement de souches consiste à insérer un gène d’intérêt dans le chromosome d’un micro-organisme, à une position aléatoire. Cette opération est ensuite répétée des milliers de fois à différents endroits du génome de l’organisme, ce qui permet d’obtenir une bibliothèque de milliers de souches différentes. Les performances de chaque souche sont ensuite évaluées pour identifier les souches candidates les plus prometteuses (approche aléatoire “shot-gun”). Ce processus est laborieux, coûteux et prend beaucoup de temps.
La technologie génomique synthétique de Synovance utilise notre connaissance des paramètres fondamentaux qui améliorent l’expression des gènes ainsi que nos outils génomiques exclusifs pour identifier le contexte génétique afin de concevoir un génome qui donnera lieu à une performance robuste de la souche (conformation chromosomique 3D, contexte génomique local, orientation des gènes, etc.) La souche optimisée est ensuite fabriquée sur la base de ces paramètres de conception. La souche optimisée est ensuite fabriquée sur la base de ces paramètres de conception. Il en résulte une souche très performante en termes d’expression génique, généralement dès la première tentative, sans qu’aucun débogage ne soit nécessaire (approche rationnelle ascendante). Notre processus est extrêmement ciblé, rentable et rapide.
